С июля 1941 года — участник Великой Отечественной войны. Алексей был в составе Пинского областного подпольного партийного центра, создавал подпольные партийные ячейки на оккупированной территории, проводил организаторскую работу по оказанию сопротивления немецким захватчикам.
С сентября 1942 года — уполномоченный ЦК КП(б) Беларуси по Пинской области, а с 1943 года — секретарь Пинского подпольного обкома партии.
Постановлением Совета Народных Комиссаров СССР от 16 сентября 1943 года № 1000 Алексею Ефимовичу Клещёву присвоено воинское звание «генерал-майор».
С 27 апреля по 10 октября 1943 года на должности командира Пинского партизанского соединения, которое вело активные боевые действия против немецких частей. Партизаны соединения наносили удары по немецким гарнизонам, проводили диверсии на немецких коммуникациях, уничтожали немецкую технику.
За умелое руководство партизанским соединением и проявленные при этом мужество и героизм Указом Президиума Верховного Совета СССР от 1 января 1944 года генерал-майору Клещёву Алексею Ефимовичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
Награждён тремя орденами Ленина, орденами Красного Знамени, Отечественной войны 1-й степени и различными медалями.
Источник: https://ru.wikipedia.org/wiki/Клещёв,_Алексей_Ефимович