На начало Великой Отечественной войны Пётр Козлов находился в академии и после неоднократных просьб в ноябре был направлен на фронт в качестве заместителя командующего 56-й отдельной армии по тылу (в декабре армия включена в состав Южного фронта). С декабря того же года являлся командующим оперативной группой войск этой армии. Принимал участие в Ростовской наступательной операции.
В марте 1942 года был назначен на должность заместителя командующего войсками 18-й армии Южного фронта. С 20 мая по 5 июня командовал 9-й армией Южного фронта.
С 23 июня 1942 года до мая 1943 года — командующий войсками 37-й армии, входившей в состав Южного фронта, с 29 июля — в состав Донской группы войск Северо-Кавказского фронта, с 11 августа — в составе Северной группы Закавказского фронта, с 24 января 1943 года — в составе Северо-Кавказского фронта. Под командованием П. М. Козлова армия вела тяжёлые оборонительные бои в Донбасской, Моздок-Малгобекской и Нальчикско-Орджоникидзевской оборонительных операциях. Действия возглавляемой им армии сыграли большую роль в битве за Кавказ.
В ходе Северо-Кавказской наступательной операциив январе 1943 года войска армии освободили 4 января Нальчик, 10 января — Кисловодск, 11 января — Пятигорск (совместно с 9-й армией) и Ессентуки, 17 января — Черкесск. Приказом Верховного Главнокомандующего И. В. Сталина от 25 января 1943 года войскам генерал-майора Козлова П. М., принимавшим участие в освобождении Пятигорска и других городов, объявлена благодарность.
С февраля по март 1943 года 37-я армия принимала участие в Краснодарской операции. С 20 мая по 5 июня 1943 года вторично командовал 9-й армией Северо-Кавказского фронта.
13 июля 1943 года назначен командующим войсками 47-й армии Степного фронта (1 августа передана на Воронежский фронт). Во главе армии участвовал в Курской битве и в Белгородско-Харьковской наступательной операции, но от руководства ею был освобождён 3 августа по инициативе командующего Степным фронтом И. С. Конева «за слабое руководство войсками армии и незнание обстановки, состояния подчинённых соединений и отсутствие с ними непрерывной связи, что привело в ходе боевых действий к значительным потерям личного состава армии».
18 августа 1943 года Пётр Козлов был назначен с понижением на должность командира 77-го стрелкового корпуса (60-я армия, Центральный фронт), который вскоре отличился в ходе битвы за Днепр. На начальном этапе битвы, в Черниговско-Припятской фронтовой операции, корпус наступал к Днепру высокими темпами, отличившись при освобождении Конотопа (6 сентября), Бахмача (9 сентября), Нежина (15 сентября),крупных населённых пунктов Моровска, Рудни. Приказами Верховного Главнокомандующего И. В. Сталина от 9 и 15 сентября войскам, принимавшим участие в боях за Конотоп и Бахмач, а также участвовавшим в освобождении Нежина, объявлена благодарность, и в Москве даны салюты 12-ю артиллерийскими залпами из 124-х орудий.
Корпус генерал-майора П. М. Козлова с ходу форсировал реки Остёр, Десна. Командир корпуса сумел к моменту выхода его на Днепр подтянуть достаточное количество инженерных средств и боеприпасов, благодаря чему удалось с ходу форсировать Днепр в районе населённого пункта Окуниново[6], захватить и удержать плацдарм на Днепре, своевременно построить переправы на него и нанести в боях на плацдарме большие потери врагу.
Указом № 1685 Президиума Верховного Совета СССР от 17 октября 1943 года за умелое командование корпусом и проявленные при этом отвагу и геройство генерал-майору Петру Михайловичу Козлову присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
В ноябре 1943 года командир корпуса Пётр Михайлович Козлов был ранен, тяжело заболел, был освобождён от должности и эвакуирован в госпиталь в Москве. 17 января 1944 года ему было присвоено звание «генерал-лейтенант».
Источник: https://ru.wikipedia.org/wiki/Козлов,_Пётр_Михайлович