Участник Великой Отечественной войны с августа 1941 года. Алейников летал штурманом в экипаже командира бомбардировщика И. Ф. Андреева. Первые 2 боевых вылета он совершил в сентябре 1941 года в районе города Демянск на бомбардировку колонны танков противника.
Участвовал в битве за Москву. Дважды горел в воздухе. Один раз машину подожгли истребители. В другой раз, после бомбометания по железнодорожной станции Сычёвка и атаки по автоколонне противника, самолёт загорелся от зенитного снаряда. Подоспели советские лыжники, вывезли авиаторов из зоны вражеского обстрела.
В конце 1941 года 420-й авиаполк передал оставшиеся машины Ер-2 в другие части и был обращён на формирование нового 748-го авиаполка АДД, который вооружили бомбардировщиками ДБ-3ф (Ил-4). Так штурман Алейников пересел на Ил-4.
18 августа 1942 года 748-й авиаполк, в котором служил Алейников, в числе первых в авиации дальнего действия был преобразован во 2-й гвардейский.
25 августа 1942 года, когда полк летал бомбить Берлин, С. П. Алейников с экипажем вторично не вернулся на свой аэродром. Самолёт был подбит фашистскими истребителями. Загорелось правое крыло, огонь стал подбираться к кабине. Командир приказал всем выброситься с парашютом. Благодаря сильному западному ветру удачно приземлились на своей территории.
5 сентября 1942 года Сергей Алейников прокладывал путь на Будапешт. Самолёт часто попадал в нисходящие и восходящие потоки воздуха. Иногда машина проваливалась на 500—600 метров. Над Будапештом погода улучшилась. После того как на военные объекты сбросили бомбы, возникло несколько очагов пожара.
13 сентября 1942 года штурман Алейников в составе 1-й эскадрильи 2-го гвардейского авиаполка наносил бомбовые удары по военно-промышленным объектам Данцига (Гданьск) и Тильзита (Советск). В Данциге возникло большое число очагов пожара, из них 7 — крупных. Лишь в районе складов портового управления в данцигской верфи было зафиксировано 9 очагов пожара и несколько взрывов.
С 17 по 27 сентября 1942 года штурман Ил-4 Алейников принимал активное участие по разгрому группировок противника в районе Сталинграда, делая по 2 боевых вылета в ночь, что составило 16 вылетов. 20 сентября бомбардировал скопление войск противника в районе Сталинграда, в результате бомбометания возник сильный взрыв — прямое попадание в склад с боеприпасами.
К 25 мая 1943 года Алейников, летая в экипаже И. Ф. Андреева, совершил 172 боевых вылета. Экипаж подверг бомбардировке скопления железнодорожных эшелонов с боеприпасами и мотомехчастями на станциях Брянск, Витебск, Смоленск, Минск, Гомель, Орёл, Вильно, Курск, Двинск, Псков, Невель, Дно, Сычёвка, Щигры, Вязьма, Барановичи, Полоцк. Подверг бомбардировке скопления войск и живой силы противника в районах: Ржев, Гжатск, Сычёвка, Витебск, Сталинград.
В конце мая 1943 года Алейникова назначили штурманом 16-го гвардейского авиаполка АДД. Он стал летать в экипаже гвардии подполковника А. Цейгина.
Командование доверяло гвардии майору Алейникову самые ответственные боевые задания. К маю 1944 он совершил 221 боевой вылет на разведку и бомбардировку объектов в глубоком тылу врага, не имея ни одного случая потери ориентировки. Над целью всегда делал по 3-4 захода. Бомбил противника только прицельно.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 августа 1944 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецко-фашистскими захватчиками и проявленные при этом отвагу и геройство гвардии майору Алейникову Сергею Петровичу было присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
Источник: https://ru.wikipedia.org/wiki/Алейников,_Сергей_Петрович