Участник Великой Отечественной войны с июля 1941 года. Командир отряда Войск Особой группы при НКВД СССР, в октябре 1941 года сведённых в Отдельную мотострелковую бригаду особого назначения НКВД СССР (ОМСБОН), затем командир роты ОМСБОН. Участвовал в обороне Москвы.
С марта 1942 года по сентябрь 1944 года — командир разведывательно-диверсионной группы «Ходоки», переросшей в партизанский отряд имени Ф. Э. Дзержинского, действовавшего на территории Орловской, Киевской, Житомирской, Черниговской, Волынской, Гомельской, Ровенской и Брестской областей, а также в Польше. В 1942 году отряд прошёл по тылам врага более 3000 км, нанося существенный вред живой силе и технике. В июне 1943 года в городе Житомире взорваны здания центрального телеграфа, типография газеты оккупантов «Голос Волыни» и помещение в здании, где размещался гебитскомиссариат. Сам гебитскомиссар был тяжело ранен, а его заместитель убит. В июле 1943 года взорваны электростанция и водопровод, нефтесклад, склады с амуницией, продовольствием и техникой, также многократно повреждался телеграфный кабель секретной связи Берлин-Киев. Всего с 15 марта 1942 года по 20 августа 1944 года отряд уничтожил около 2 тысяч солдат и офицеров противника, пустил под откос 48 эшелонов, взорвал 3 бронепоезда и 10 железнодорожных и шоссейных мостов, сбил 2 вражеских самолёта. Советскому командованию также передавались ценные разведывательные данные.
С 1944 года — на руководящей оперативной работе в органах НКВД—НКГБ—МГБ—МВД.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 ноября 1944 года Евгению Ивановичу Мирковскому присвоено звание Героя Советского Союза.
Также награжден двумя орденами Ленина, двумя орденами Красного Знамени, двумя орденами Отечественной войны 1 степени, орденом Красной Звезды, медалью «Партизану Отечественной войны» 1 степени.
Источник: https://ru.wikipedia.org/wiki/Мирковский,_Евгений_Иванович
