С началом войны Борейко находился на должности заместителя командира 50-й стрелковой дивизии в составе Западного особого военного округа и принимал участие в ходе приграничного сражения на Западном фронте, а затем в Смоленском сражении.
В августе 1941 года был назначен на должность командира 50-й стрелковой дивизии, а в октябре того же года был тяжело ранен в Вяземском котле. Вышел из окружения в ноябре, несколько месяцев лечился в госпиталях.
В августе 1942 года генерал-майор Борейко был назначен на должность командира 324-й стрелковой дивизии, занимавшей оборону в районе города Сухиничи. В августе того же года был назначен на должность командира 11-й гвардейской стрелковой дивизии, а в ноябре — на должность командира 9-го гвардейского стрелкового корпуса, который в июле 1943 года принимал участие в Орловской операции, в ходе которой прорвал оборону противника, после чего форсировал реки Десна и Снов, а затем освободил город Чернигов.
Во время битвы за Днепр Борейко с 27 по 28 сентября руководил действиями корпуса в ходе форсирования Днепра в районе посёлка городского типа Любеч и населённых пунктов Мысы и Неданчичи, а также при захвате и удержании плацдарма на правом берегу реки. Вскоре корпус под командованием Борейко принимал участие в ходе Гомельско-Речицкой и Калинковичско-Мозырской наступательных операций.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 15 января 1944 года за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецко-фашистскими захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм гвардии генерал-майору Аркадию Александровичу Борейко присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
В феврале 1944 года Борейко был вторично ранен, после чего был направлен на излечение в военно-клинический санаторий «Архангельское» и по выздоровлении в апреле был откомандирован на учёбу в Высшую военную академию им. К. Е. Ворошилова, после окончания которой 7 апреля 1945 года был назначен на должность командира 16-го гвардейского стрелкового корпуса, который принимал участие в ходе заключительного этапа Восточно-Прусской операции.
Источник: https://ru.wikipedia.org/wiki/Борейко,_Аркадий_Александрович