Во время Великой Отечественной войны в действующей армии — с июня 1941 года. Член ВКП(б)/КПСС с 1942 года. Сражался на Западном, Брянском, Юго-Западном, Сталинградском, Донском, Центральном, Белорусском, 1-м Белорусском фронтах.
В составе 270-й бомбардировочной авиационной дивизии 8-й воздушной армии Сталинградского фронта и 223-й бомбардировочной дивизии 16-й воздушной армии Донского фронта — участвовал в Сталинградской битве. На Центральном фронте в составе 301-й бомбардировочной дивизии 16-й воздушной армии Центрального фронта участвовал в оборонительной части Курской битвы, а затем — в Орловской наступательной операции.
Начальник связи эскадрильи 96-го гвардейского бомбардировочного авиационного полка гвардии старший лейтенант Яков Гончаров к марту 1945 года совершил 221 боевой вылет, в воздушных боях сбил лично 1 и в группе 3 вражеских самолёта. Всего к моменту окончания войны совершил 244 боевых вылета.
После окончания войны Я. И. Гончаров продолжал службу в Советской Армии.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 15 мая 1946 года за мужество и героизм, проявленные при нанесении бомбардировочных ударов по врагу, гвардии старшему лейтенанту Гончарову Якову Игнатьевичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
Награждён также четырьмя орденами Красного Знамени, тремя орденами Красной Звезды, а также медалями «За боевые заслуги», «За оборону Сталинграда», «За освобождение Варшавы», «За взятие Берлина», «За победу над Германией» и другими.
Источник: https://ru.wikipedia.org/wiki/Гончаров,_Яков_Игнатьевич