С началом Великой Отечественной войны С. Ф. Шутов в составе корпуса был переброшен на фронт. В начале июля 1941 года дивизия ещё до вступления в бой была переименована в 104-ю танковую дивизию, а Степан Шутов стал командиром танкового батальона 208-го танкового полка. Во главе этого батальона воевал на Западном фронте, с ноября 1941 года командовал танковым батальоном лёгких танков 9-го танкового полка 9-й танковой бригады. Участвовал в Смоленском оборонительном сражении, в оборонительном и наступательном этапах Московской битвы на Тульском направлении.
В конце декабря 1941 года отозван с фронта, направлен в формирующуюся 36-ю танковую бригаду Московского военного округа (г. Горький). В марте—апреле 1942 года командовал 167-й танковой бригадой (так же формировалась в Горьком), но затем понижен до заместителя командира бригады. Затем воевал в 95-й танковой бригаде 9-го танкового корпуса на Западном фронте, участник летних боёв Западного фронта. С августа 1942 года командовал 187-й танковой бригадой в том же корпусе, участник фронтового контрудара в районе Сухиничи — Козельск в августе 1942 года. С октября 1942 по май 1943 годов — командир 50-го отдельного гвардейского танкового полка, который тогда формировался в Московском военном округе. Полк был вооружён английскими танками Mk.IV «Черчилль». В марте 1943 года прибыл с полком на Волховский фронт, участвовал в попытках прорыва немецкой обороны и был там награждён своим первым орденом, но тем не менее в мае был отозван и направлен на учёбу.
В 1943 году окончил академические курсы усовершенствования командного состава при Военной академии бронетанковых и механизированных войск РККА имени И. В. Сталина. 16 сентября 1943 года принял командование 20-й гвардейской танковой бригадой 5-го гвардейского танкового корпуса на Воронежском фронте, затем командовал этой бригадой на 1-м и 2-м Украинских фронтах. Во главе бригады участвовал в битве за Днепр на Лютежском плацдарме.
Особо отличился в Киевской наступательной операции. Его бригада одной из первых ворвалась в Киев. За умелое руководство бригадой и проявленные при этом героизм и мужество Указом Президиума Верховного Совета СССР от 10 января 1944 года гвардии подполковнику С. Ф. Шутову присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 2158).
Затем участвовал в Корсунь-Шевченковской и Проскуровско-Черновицкой наступательных операциях. Но особо отличился в Ясско-Кишинёвской операции. Тогда, в конце августа 1944 года, являясь передовым отрядом 5-го гвардейского танкового корпуса, бригада гвардии полковника Шутова вошла в прорыв и стремительно двигалась по территории Румынии далеко впереди войск 2-го Украинского фронта. В самом начале наступления, 21 и 22 августа, бригада форсировала реку, преодолела горный хребет Марс, разбила противостоящую немецкую танковую часть, уничтожив при этом 20 тяжелых танков противника, и вырвалась на оперативный простор. В последующие дни бригада с боями прошла свыше 200 километров, освободив города Бырлад, Текуч, Фокшани, Рымник, Плоешти. Второй «Золотой Звездой» Героя Советского Союза он был награждён 13 сентября 1944 года за эти подвиги и образцовое выполнение заданий командования.
В сентябре 1944 года назначен с повышением в должности заместителем командира 9-го гвардейского механизированного корпуса. Но на этом посту ему довелось воевать буквально несколько дней: в ходе Бухарестско-Арадской операции в одном из боёв в Трансильванских Альпах С. Ф. Шутов был тяжело ранен в руку и её пришлось ампутировать в госпитале. После длительного лечения в московских госпиталях в сентябре 1945 года уволен в отставку.
Источник: https://ru.wikipedia.org/wiki/Шутов,_Степан_Фёдорович