В августе 1941 года, после начала Великой Отечественной войны Котченко был зачислен в Гомельский партизанский отряд «Большевик», который был образован ещё до занятия немецкими войсками Гомеля. Он 5 суток возил на машине военные и продовольственные грузы в урочище Кринички, где создавалась партизанская база.
19 августа 1941 года Котченко вывез на автобусе в лес ядро партизанского отряда «Большевик», в том числе командира отряда И. С. Федосеенко и комиссара — секретаря Гомельского горкома партии Е. И. Барыкина.
Вечером 20 августа 1941 года партизаны отряда «Большевик» провели первую боевую операцию — засаду на Черниговском шоссе. В ходе операции была уничтожена колонна автомашин. Котченко бутылками с горючей смесью поджёг 3 автомашины, а также уничтожил около 20 немецких солдат.
В начале 1942 года Котченко, освоив профессию минёра, вошёл в первую подрывную группу, состоящую из 5 человек.
В конце июня 1942 года группа, которую возглавлял Исаченко, провела свою первую самостоятельную диверсию на железной дороге Гомель — Речица. Котченко, который входил в эту группу, заложил взрывчатку под рельс. После подрыва и схода с рельсов эшелона, группа минёров снялись с места. На следующий день группа установила заряд на железной дороге Гомель — Жлобин. В результате взрыва было уничтожено 9 вагонов с немецкими солдатами.
7 октября 1942 года при выплавке тола из неразорвавшихся снарядов, которые остались после боев в 1941 году, погиб командир группы Исаченко, которому в дальнейшем было посмертно присвоено звание Героя Советского Союза. После гибели Исаченко группой начал командовать Фёдор Котченко. В дальнейшем группа выросла в комсомольско-молодёжный диверсионный отряд.
Летом 1943 года Котченко участвовал в «Рельсовой войне». На перегоне Буда-Кошелево подрывники отряда пустили под откос немецкий бронепоезд.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 1 января 1944 года за образцовое выполнение заданий командования в борьбе против немецко-фашистских захватчиков в тылу противника и проявленные при этом отвагу и геройство Фёдору Петровичу Котченко было присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
Источник: https://ru.wikipedia.org/wiki/Котченко,_Фёдор_Петрович