Вскоре после начала Великой Отечественной войны оказался в оккупации, вернулся в родную деревню. Вместе со своими братьями вступил в партизанский отряд. Активно занимался диверсионной деятельностью с июля 1942 года, с ноября того же года командовал диверсионной группой 78-го отряда 125-й Копаткевичской партизанской бригады.
Под руководством Малышева группа провела большое количество диверсионных акций, пустив под откос 19 вражеских эшелонов с боевой техникой и живой силой.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 15 августа 1944 года за «образцовое выполнение заданий командования в борьбе против немецких захватчиков в тылу противника и проявленные при этом отвагу и геройство» капитан Фёдор Малышев был удостоен высокого звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
Был также награждён орденами Красного Знамени, Отечественной войны 1-й степени и «Знак Почёта», белорусским орденом «За службу Родине» 3-й степени, рядом медалей.
Источник: https://ru.wikipedia.org/wiki/Малышев,_Фёдор_Алексеевич