Во время Великой Отечественной войны участвовал в героической обороне Ленинграда, сражался в боях в районе города Кингисеппа (бывший Ямбург) и на Пулковских высотах в составе 14-го полка НКВД. С 1943 года - снайпер 108-го полка НКВД. В боях был четырежды ранен. С 1944 года вновь в пограничных войсках в Закарпатье, сначала в 104-м, а с сентября 1944 года - в 2-м пограничном отряде.
5 февраля 1945 года боец-пограничник 9-й заставы (2-й пограничный отряд, Украинский пограничный округ, Пограничные войска НКВД СССР) кандидат в члены ВКП(б) ефрейтор Семён Пустельников самоотверженно сражался при задержании банды украинских националистов, так называемой Украинской повстанческой армии (УПА), в Радеховском районе Львовской области Украины.
В ходе боя мужественный пограничник был ранен, но продолжал борьбу. Три бандита были уничтожены его меткими выстрелами. Когда у него кончились патроны и бандиты хотели его пленить, ефрейтор Пустельников С.С. последней гранатой подорвал себя и двух бандитов. Прибывшая группа пограничников ликвидировала банду.
Похоронен в селе Поторица Сокальского района Львовской области Украины.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 31 марта 1945 года за мужество и героизм, проявленные при защите Государственной границы СССР, ефрейтору Пустельникову Семёну Селиверстовичу посмертно присвоено звание Героя Советского Союза.
Награждён орденом Ленина, орденом Красной Звезды, медалью «За оборону Ленинграда».
Источник: http://www.warheroes.ru/hero/hero.asp?Hero_id=6731