В сентябре 1941 года Рудкин был назначен на должность начальника отдела автобронетанкового управления Карельского фронта, в июне 1942 года — на должность заместителя начальника Сталинградского учебного легкобронетанкового центра, принимал участие в Сталинградской битве.
С августа 1942 года командовал 215-й танковой бригадой, а с ноября 1942 года — 179-й танковой бригадой, участвовавшей под командованием Ф. Н. Рудкина в Острогожско-Россошанской наступательной, Харьковских наступательной и оборонительной операциях. С января по март 1943 года бригада освободила десятки населённых пунктов. В районе населённого пункта Старый Салтов (Харьковская область) 179-я танковая бригада под командованием Ф. Н. Рудкина вывела из окружения ряд советских стрелковых частей.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 31 марта 1943 года за умелое командование бригадой, образцовое выполнение боевых заданий командования и проявленные при этом геройство и мужество полковнику Филиппу Никитовичу Рудкину присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
11 июня 1943 года Рудкин был назначен на должность командира 15-го танкового корпуса, который принимал участие в Курской битве и Орловской наступательной операции. За расчленение орловской группировки противника 15-й танковый корпус был преобразован в 7-й гвардейский. 6 августа 1943 года Филипп Никитович Рудкин был освобождён от должности командира корпуса «как не справляющийся с работой, не могущий руководить боем корпуса» и вскоре был назначен на должность командующего Тамбовским танковым военным лагерем.
12 января 1944 года Рудкин был назначен на должность командира 11-го танкового корпуса, участвовавшего в Проскуровско-Черновицкой и Белорусской наступательных операциях.
В августе 1944 года был назначен на должность заместителя командующего бронетанковыми и механизированными войсками 3-го Белорусского фронта. Принимал участие в Гумбиннен-Гольдапской и Восточно-Прусской операций, а также в штурме Кёнигсберга.
Источник: https://ru.wikipedia.org/wiki/Рудкин,_Филипп_Никитович