В начале 1943 года Анатолий Коврей ушел в партизанский отряд под командованием своего земляка, доктора Алексея Шубы.
С первых дней молодой партизан был задействован в разведке. В каждой операции залогом успеха были точные разведданные, добытые Анатолием Наумовичем: дислокация врага, порядок работы полицейского гарнизона, план населенного пункта, расположение пулеметов, часовых и т. д. Немало было операций, где он принимал непосредственное участие. Например, в ноябре-декабре 1943 года в дер. Рубежи организовывал подрыв железной дороги, которую немцы только что восстановили.
Еще не раз группа партизан с Анатолием Ковреем была звеном в наступательных операциях. Например, в дер. Синегово разгромили гарнизон, заминировали шоссейную дорогу в направлении Москвы. А когда готовилась операция «Багратион» 2-го и 3-го Украинского фронтон, сюда была направлена разведгруппа действующей армии, и ее проводником был именно Анатолий Наумович.
