В августе 1941 года назначен начальником отделения и заместителем начальника отдела в Управлении строительства укрепрайонов Генерального штаба.
С июня 1942 года полковник В. В. Скрыганов принимал участие в боях на фронтах Великой Отечественной войны, когда был назначен начальником штаба Оперативной группы укрепрайонов Ростовского направления на Южном фронте. После падения Ростова в августе группа была расформирована, Скрыганов был зачислен в распоряжение Военного совета Северо-Кавказского фронта.
В октябре 1942 года был назначен на должность заместителя начальника оперативного отдела штаба Черноморской группы войск Закавказского фронта и участвовал в битве за Кавказ. С 22 марта по 28 апреля 1943 года — заместитель командира 389-й стрелковой дивизии 37-й армии Северо-Кавказского фронта. После недолгого пребывания в распоряжении Главного управления кадров НКО СССР 22 июня 1943 года назначен заместителем командира 6-й стрелковой дивизии (в составе 6-й и 1-й гвардейской армий, Южный фронт). На этом посту участвовал в Миусской, Донбасской, Мелитопольской, Днепропетровской, Нижнеднепровской наступательных операциях.
С января 1944 года — командир 14-й гвардейской Винницкой стрелковой дивизии имени Я. Ф. Фабрициуса, во главе которой воевал в 53-й и 5-й гвардейской армиях 2-го Украинского фронта. Принимал участие в Корсунь-Шевченковской, Уманско-Ботошанской, Львовско-Сандомирской, Восточно-Карпатской наступательных операциях. За отличные действия в Уманско-Ботошанской операции, в том числе за освобождение города Новоукраинск дивизия была награждена орденом Красного Знамени (29.03.1944).
13 сентября 1944 года В. В. Скрыганову присвоено воинское звание «генерал-майор».
Командир 14-й гвардейской стрелковой дивизии (33-й гвардейский стрелковый корпус, 5-я гвардейская армия, 1-й Украинский фронт) гвардии генерал-майор В. В. Скрыганов особо отличился в ходе Висло-Одерской операции. В первый день наступления с сандомирского плацдарма, 12 января 1945 года, дивизия прорвала долговременную многоэшелонированную оборону противника западнее города Сандомир (Польша). За 11 последующих дней дивизия прошла с боями 265 километров и освободила города Буско-Здруй, Ченстохова, Стопница и 267 других населённых пунктов. В этой операции дивизией уничтожено и пленено 1357 солдат и офицеров противника, уничтожено и захвачено 60 орудий, 17 танков и бронетранспортёров, большое количество иного вооружения и военного имущества.
22 января 1945 года дивизия форсировала реку Одер в 16 километрах северо-западнее города Оппельн (ныне Ополе, Польша). В этот же день в бою за удержание плацдарма на западном берегу Одера гвардии генерал-майор В. В. Скрыганов был тяжело ранен. 26 января он был представлен к присвоению звания Героя Советского Союза за эти подвиги, а 27 января 1945 года умер в госпитале. Похоронен в городе Львов на холме Славы.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 6 апреля 1945 года за образцовое командование дивизией в боях за освобождение Польши и проявленные при этом личное мужество и героизм гвардии генерал-майору Викентию Васильевичу Скрыганову посмертно присвоено звание Героя Советского Союза.
За время войны Скрыганов был два раза упомянут в благодарственных приказах Верховного Главнокомандующего.
Источник: https://ru.wikipedia.org/wiki/Скрыганов,_Викентий_Васильевич